FAQ
FAQ.Rmd按问题主题划分
写个引言？
一、群组信息
（一）群组结构及功能
问题1 群组组建过程
为了周四晚上一起熬夜学R语言，2022/1/27 下午1:29成立本群。
与主办方联系获得授权支持，但是对方回复周期非常慢。所以我们先听课，然后等待主办方回复。
第一节课在2022/1/27 凌晨1点结束了（和我朋友圈说的今天晚上明天凌晨有出入，时间差计算错了），非常可惜。为了确保大家进度一致，我今晚9-10点这个时间段会发一遍第一课的内容PDF文档（主要是方便打开网页和寻找资料有困难的朋友），在此之前，大家可以拉一下自己的朋友（有R语言学习需求的）进群，避免新人错过消息。
历时两天，完成社群人员组成构建，本群长期围绕R语言进行学习交流。稍后等各位主编老师宣传完平台，我统一同步一遍消息给新进群的朋友。后续如果还有想一起学习的朋友没能进入本群，可以请他们加我或厉神@生态中心-环境微生物-厉舒祯 微信，进入快乐磕盐群，有本群同步信息。
问题4 公众号主编简介
| 主编/编辑 | 公众号 | 简介 |
|---|---|---|
| 赖江山 | 数量生态学大佬，无数生态学人的枕边必备书作者，开发了好多好用的生态学R包，R语言课程在我们国科大是最抢手的课程，30秒就抢光了。赖老师的个人公众号，主要围绕着数量生态学相关工作进行前沿解读，特别是赖老师的R包大家可以多用，好用。 | |
| 张金龙 | 学识渊博且热心公益，大家有时间可以学习一下张老师的博客（https://helixcn.github.io/），细细品读，会和我一样感到诸多共鸣，我个人非常崇敬的一位老师。张老师的个人公众号，值得细读，里面除了讲座信息还有很多张老师的独到思考。 | |
| 陈建平 | 搭建组织起了HelloBD交流平台（目前每周日在腾讯会议直播课程），目前张金龙老师和胡文浩老师已经分享了3节课的内容，回放在本群公告的B站链接，热心公益，为R语言的推广做了很多贡献，很多辛苦只有在幕后。helloBD平台，目前活跃的公益数据科学学习交流平台，陈老师在维护。 | |
| 胡文浩 | 被生态学耽误的脱口秀大王，多年的答疑经验历练出了神速秒回，有胡老师在的群，可以说没有一个问题可以活到第二天。希望我也能历练成为像胡老师一样的强人。胡老师担任编辑的公众号，其中的EcoTalks邀请了国际生态学领域大牛做报告，非常深刻，公众号内容包含了很多文献解读及实用方法 | |
| 厉舒祯 | 运营的公众号无私分享，思考深刻，他管理的群，成员都是一线学术的学习榜样，同时还闪耀着人性的光辉和散发着人性的温暖。 | |
| 古柳 | 他让我一度认为数据可视化是艺术是美学，我们经常沉浸在学术世界，所做的模型和可视化方法，其实和其他领域都是相通的，跳出领域虚无的间隔，可以发现我们能做的很多，或许会爱上数据可视化这样美好的事物。 | |
| 借这个宝贵的交流群推一个公众号，这个公众号主要推荐一些宏基因组相关的方法和文章，推送的文章质量都比较高(个人想法[旺柴])，大家有兴趣可以关注交流一下[握手][握手][握手]，这个小公众号刚起步，希望大家多多关注，多提意见[玫瑰][玫瑰][玫瑰] | ||
| 文涛 | 欢迎大家关注微生信生物：这里有无所不能的图形可视化方案，不断创造出来的绘图技法，只需访问话题：科研绘图研究工作室；十分强大的组学学习平台，请访问：扩增子研究工作室；跟着science学习宏基因组，代谢组研究室，转录组研究室；这里有新的工具，原创工具开发专题：团队成果ggClusterNet；团队成果-EasyStat包专题；对于绘图，示意图极致的追求请查看专辑：科研示意图；另外这些专题你们大家就自由浏览啦：Origin绘图；效率科研；团队文章成果；团队关注；袁老师小小组 | |
| 袁婧 | 博士毕业于上海交通大学，目前在科罗拉多州立大学做研究，2021年8月成立了杭州微纳森林科技有限公司，主要做环境合成微生物相关的科普媒体、技术研发等，开了2个公众号，一个WenaSelin，主要宣传公司近况，另外发起了环境合成微生物联盟SynME，会不定期举办相关学术会议。欢迎大家关注 | |
| 王亚 | 大家好。我们是蔻享学术（https://www.koushare.com/），学术视频分享的公益性科学平台。为大家提供 理工类学术会议，报告等视频分享。大家组织的线上会议，讲座报告等可以利用蔻享学术平台为大家宣传扩散，包括线下学术会议直播 录制。 | |
| 王路情 | 大家好，我用R语言做数据科学和医学临床数据分析和挖掘的工作。 | |
| 张磊 | 逻捷科技创始人,宏基因组领域耕耘数十载,通过逻捷科技公众号给大家分享宏基因组数据分析的方法, 目前已经开发>100适配程序和工作流, 期望和大家交流 | |
| 鲍志炜 | 浙江大学医学院生物信息学博士三年级在读，主要研究方向为肠道微生物组数据分析。我和几个在浙大的小伙伴一同发起了一个浙江地区的实战派线下生物信息学俱乐部 - BioLinkX。主要活动形式为每两周一次的 workshop – 「生信半月谈」，由成员之间互相授课，知识互补，突破瓶颈。草木竹石皆可为剑，多学科交叉融合是科学发展的必然趋势；我们期望以知识为纽带链接彼此，帮助大家「破局成长」，创造未来。欢迎大家关注我们！我们真诚期待与您链接！公众号：biolinkx 官网：biolinkx.cn 语雀主页：https://www.yuque.com/biolinkx 往期活动：https://www.yuque.com/biolinkx/comment |
问题5 交流原则及方向主旨
微信，QQ，公众号给我们的学习和交流提供非常便利的条件，让我们很小的创新就能发挥最大的效益，这就是信息时代的巨大的便利和进步。我们是对R语言和统计学的学习热情、非常有活力且乐于分享的一群人。
本群人均大佬，一起努力学习进步向未来，为了科学与美学。
通过学习，逐渐建立起国际合作渠道，并成为更好的自己。
问题16 志愿者工作内容和意义
我建议群组和课程分开，因为这个课程五月份就结束了，后续可能还要一起学习新的课或者找别的学习资源，比如读书会之类的 关于群组后续的计划是对接全球类似的公益组织，所以这部分可能也会有延伸性 实时的整理版本我认为可以发在我的网站上，比公众号方便，公众号在版本迭代上并不友好，但是适合推广 我们还是需要尽量让大家关注在具体的问题上，激发探讨
后续我觉得 问题内容多了以后 就可以 消息叠消息了. 我觉得以后消息多了 就可以这样整理，有可能一个问题出来100条都讨论不完，那就直接开始套娃 定期把问题像这样整理发到公众号上 相当于整个知识分享社群的原创内容了 然后 社群的拓展和公众号的关注以后也是相辅相成的 周老师工作好认真 我昨天以为就是定期把100条消息合并到一起就行 哈哈哈 原来可以这样搞
问题30 志愿者组织结构
围绕提升群质量的主旨目标，目前我们已有的23人次的志愿者组织： 1. 问答梳理组（3人）按框架系统梳理群内问答 2. 赖老师R包组（4人）跨群收集梳理rdacca.hp等包问答 3. R课汉化组（10人）对Coding Club R课录屏等资料汉化 4. 录屏组（6人）对Coding Club R课录屏
主要还是感谢各位主动报名的志愿者，我个人对于志愿者工作的理解是通过感兴趣的任务来锻炼自己需要的能力，顺便结识志同道合的朋友，如果认为志愿者是为我工作的理解是危险的，至少要认为是为了群内500人包括自己工作。我个人本身就是志愿者，志愿组织大家一起学习，在建群初期我就意识到一个问题，主动性的两面性。假设课程是好的，本群10人以内时，我主动问了身边确实有需求的朋友，部分朋友会以多种理由婉拒，这也是我第一版朋友圈文案中提到的4个顾虑的来源，这个情景，我用错了主动性的方向，人们常常会拒绝主动送上门的“好事”；另一面，不论是本群还是志愿者组织，对我来说都是一个认识有分享交流主动性的朋友的机会，主动表达自己的观点，寻找同类人。
之所以没有让志愿者直接把链接发在群里，是想通过这个机会增进500人之间的连接，并且通过索取的过程也是表达了对志愿者劳动成果的肯定。 昨天这大夜不好熬，一熬夜就很难睡着，昨晚3点才睡，所以录屏的志愿者也很辛苦，如果忽略了志愿者的辛苦，很难后续还会有人主动站出来“轮班”录屏。
二、课程信息及资料
（一）Coding Club R课程
问题2 课程信息
组织者也都是学生或者年轻的学者
课程内容我看也挺不错，是R语言比较系统的课程
这种课在国内应该也挺贵的
在国内也很难有机会听纯英文的了，他们也都是有一线的科研背景，所以课程质量应该还是有保障的
英国时间每周三下午3-5点 = 北京时间每周三晚上11-次日1点
zoom直播R语言系列课程
https://ed-ac-uk.zoom.us/j/84758515466
Meeting ID: 847 5851 5466
Passcode: cod1ngclub
课程主页 https://ourcodingclub.github.io/
日程表 https://drive.google.com/file/d/1LWkdrlT88zoSlRSIkl8xG6Wz92D4hZFa/view
代码及数据 https://ourcodingclub.github.io/tutorials/intro-to-r/
由于第一节课我们没有录屏，错过第一节课程的可以先看以下B站频道自学补上进度
https://space.bilibili.com/1979221372
如有R语言个性化开发需求请在以下频道提出开发需求
https://github.com/TongZhou2017/ttfriends/discussions
相关个性化开发动态请关注公众号TTfriends以及个性化R包主页（已开发完成的功能会以需求者命名显示在Article下拉选项中）
https://tongzhou2017.github.io/ttfriends/
第一节课在今天凌晨1点结束了（和我朋友圈说的今天晚上明天凌晨有出入，时间差计算错了），非常可惜。为了确保大家进度一致，我今晚9-10点这个时间段会发一遍第一课的内容PDF文档（主要是方便打开网页和寻找资料有困难的朋友），在此之前，大家可以拉一下自己的朋友（有R语言学习需求的）进群，避免新人错过消息。
问题7 课程资料
直播里第一课对应了三部分内容，有的内容可能受网络影响会在国内不好访问，我只是搬运过来，方便大家阅读，了解课程进度。相关内容遇到问题的话随时群内交流。
今日学习进度同步
目标：解压缩昨天晚上的压缩包，打开01_Getting_started中的CC_1_RBasics_Full_Script2.r代码，在R中试运行，学习R的基本操作流。
如果遇到问题可以先看一下我注释的导读版本，任何无法解决的问题可以在群中交流。
问题22 coding club课程资料
根据邮件提示，尽量在今天课程开始前完成GitHub账户注册和计算环境中的git安装，pdf为本次课程相关内容以供预习。
本次课程信息密度比较高，听完可能还要消化练习几天，欢迎大家在群内分享自己的学习笔记，以供互相参考、验证思路。基本上对应的是一本书的内容了
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三、R语言及其应用介绍
（一）R语言简介
（二）细分领域
问题10 单细胞DNA
很荣幸能进来认识这么多大佬。我是做实验的，之前学了点生信皮毛，方便与测序公司之间的沟通。有时候看文献的时候有了新想法，想通过数据库数据验证一下想法的时候发现基础不够，还需要继续努力，所以想更多的学点东西，有时候我的问题可能比较基础而且傻，请大家多多包涵.方向：肿瘤单细胞DNA测序，努力推进肿瘤单细胞DNA测序进入临床诊断，临床检验
19年与王卓师兄因为单细胞代谢组学的问题探讨相识，希望后续能够继续深入交流向您学习
时间好快啊，转眼2022年啦，忙忙碌碌，转个不停
跟时间赛跑抢时间毕业，抢时间出站，工作啦写基金
国内单细胞组学遍地火热了，正是施展才华的时候
说要学习点生信，挂嘴边行动缓慢至极
没几个人关注单细胞DNA测序，都去砸单细胞RNA测序了
瑞典的Fabien、中海大的高山老师、中科院生科院的苗苗老师、西藏大学的安博士都在关注这一个技术，但是我们关注的对象主要是原生动物。单细胞DNA在肿瘤异质性、早期演化、基因组结构变异等问题还是有更稳健的信号，这在现在火热的转录组和开放结构角度是无法获得的。
是的，我们也是看中DNA稳定，更适合临床应用
而且如果加点Nanopore数据还可以做一做大的基因组结构变异以及重复区，还有表冠修饰信号，这在肿瘤的信息传递载体层面覆盖的两个重要的来源
我的师兄石峻峰老师也对这一方面很感兴趣，有时间可以一起探讨一下@潍坊医学院-微生物-石峻峰
多多探讨
我们之前讨论的燃石的那篇泛癌种早筛我忙完这阵子后续找时间再琢磨琢磨，然后请王卓师兄一起来个线上小组讨论聊聊，交换思路
感谢二位师兄
@潍坊医学院-微生物-石峻峰 我可否把那篇文章发群里，看看有没有其他方向一致的老师同学要一起探讨一下
https://mp.weixin.qq.com/s/Wu3Ro_h4c56_1wa_jnE5GQ
如果有对这篇文章感兴趣的老师和同学，我们可以一起学习探讨，线上小会议，大概今年六月份吧，机器学习比较难啃
问题11 宏基因组物种注释方法
不好意思，请教各位大神一个基础问题，基因注释后是通过什么区分物种的？ meta分析流程里，注释完了就能得到OTU表，这个是通过什么来聚类的？
好像是贝叶斯分类器？
谢谢，我搜一下看看，我以为是通过什么基因来聚类的
问题15 赖老师R包add参数
因为我前面算dbRDA 的时候，把add设置为True了。导致层次分割法的解释率之和，和dbRDA的总解释率对不上。这个包真的很好用,在量化每个环境因子的贡献率比VPA的方法，要少用行n次（求每个环境因子的解释率，都得运行一次，还得做一次置换检验）且和VPA算出的结果趋势都是一致的，对于我的数据都是降水（MGSP）和ｐＨ是最重要的环境因子。
欢迎使用！rdacca.hp的结果并不是简单的多次VPA,核心是让每个变量获得的解释率加起来等于总R2。采用平均分割共同效应的方法，虽然没有任何理论依据，但是统计学就是这样，提出一个方案，只要大家觉得好用、方便、喜欢用可以成为一种标准。我们常用的0.05的显著的阈值，AIC相差2就算有差异等等诸如此类都是同样的规则。 https://mp.weixin.qq.com/s/ha2iGEibsAV4Td6kiGh0WA
问题17 alpha多样性检验
关于α多样性指数的显著性分析，样本的组数是4组，进行正态性和方差齐性检验后发现有的不能满足，那我应该用什么检验呢
一般都是kw h-test
f4dac2cced771451c9845afdeb9c17a9_
问题20 谱系多样性的树构建
关于谱系多样性指数的计算，我现在有otu表，但是那个树文件不知道怎么构建，想求助一下，谢谢
在厉神群已解答这个问题，同步给本群同样感兴趣这个问题的老师： 1. 下载数据，2. 校对数据，3. 比对，4. 校对数据，5. NJ建树， 6. 校对数据. 7. Model selection, 8. RAxML或者IQtree，或者BEAST建树， 9. 校对，如果有错误，回到第4步， 10. 订年（r8s, pathd8, ape, treePL ），转换为ultrametric tree，11. 读入R，如果不是ultrametric，用phytools转换为ultrametric，12. 用picante等包，计算系统发育多样性指数
问题21 质谱图制作及飞行质谱微生物筛选
大佬们知道这种图怎么做的吗
https://www.bilibili.com/video/BV1Fr4y1v7MG/ b站的一个教学视频
做微生物谱峰筛选建库，一头雾水
我之前用的比较多的TOF-MS是AB公司的5600，还用过赛默飞的Orbitrap fusion lumos三合一，这个是包含三个质量分析器，没有飞行时间模块，但是对于我来说建库都是一样的，我是做植物的，对微生物不太了解，你是自己建库还是？
四、资源分享及问题解答
（一）学习资源分享
问题19 R相关课程推荐
ComplexHeatmap包作者顾博士将在5月3-6日举办一次基因富集分析线上培训，有兴趣的老师可以了解一下，因为是付费课程，就不统一组织学习了。https://www.physalia-courses.org/courses-workshops/gse-in-r/
问题34 R语言学习资源合集
分享一个R语言资源合集，来自曾老师的生信技能树公众号@健明 https://mp.weixin.qq.com/s/8otenqNrWyMQldlfvbTiAQ 因为内容偏向组学，需要具备R基础之后才更容易上手，所以可以作为我们五月份本课程结束后的学习方向之一。如果有好的系统的R语言免费资源，适合进阶学习，也欢迎大家直接在群中互相推荐。
问题25 git安装
根据邮件提示，尽量在今天课程开始前完成GitHub账户注册和计算环境中的git安装，pdf为本次课程相关内容以供预习。 本次课程信息密度比较高，听完可能还要消化练习几天，欢迎大家在群内分享自己的学习笔记，以供互相参考、验证思路。基本上对应的是一本书的内容了。
问题26 GitHub应用教程
这本书的内容没有讲座内容全，现在GitHub变化比较多，这本书已经不是很全面了，可以直接看GitHub doc是最好的 讲座包括了一个很重要的内容，如何在Rstudio里配置git，这个是书里没有的 GitHub这几年发展了很多，在微软收购之后，缓解了资金压力，继续免费开放，只有少数功能是付费，而且开发了很多好用的api和命令行工具，特别是action功能和社区是目前和未来重要的方向。有钱了开发就很快，所以跟着官方文档学习最及时，也是在线电子书的形式。 如果有实验室或者个人的主页是挂在GitHub page上，也可以在这一周课程的时间分享链接，也是很好的学习GitHub应用的范例 用GitHub搭建网站教程 https://docs.github.com/en/pages/setting-up-a-github-pages-site-with-jekyll 云端Rstudio教程视频 https://www.youtube.com/watch?v=zaoSeyHARGM GitHub的教学用途 https://classroom.github.com/
问题29 多人协作GitHub冲突
https://github.com/TongZhou2017/stuck_in_net 我们测试一下，一起同时编辑README.md 这个文件 
你看，产生了一个fork，你提交一个改变，我们合并一下看看是啥样， 
结果就是，你改的在你名下，我改的在我名下，还需要单独进行一次合并，而且需要你那边点pull request，因为我这里现在是空的，我这边也可以主动邀请你的版本，结论就是不会冲突，合并的时候会重新比较差异，然后人工确认后再合并 多人协作修改的时候，每个人名下都会产生一份拷贝 我的修改被抹掉了，你是在老版本改的，所以说多人合作的时候需要及时同步版本，不然就会出现你说的这种冲突，目前看是这样的。也可能有更好的办法 我还收到了你的邮件提醒，所以最终文件没有tong-2，只能在历史里看？ 对的，所以实际情况中历史上可能有的分支也是有意义的，我遇到过这种事情，比如因为网络问题丢了进度，会导致这种错误，自己也很难察觉，那么我们在维护的时候，需要注意其他人删除的部分是否是没有及时同步导致的
（二）文献及工具分享
问题23 markdown工具选择
各位大佬，markdown写公众号有没有比较好用的在线版本推荐
为知笔记，印象笔记一类笔记软件似乎是可以的
我一般是用VScode写，预览，然后用Rstudio编译为html，再直接粘贴到公众号中，再调整细节。
notion的markdown还行，但是对图片载入不是很友好
Typora的markdown综合体验比较流畅，但是没试过用来写公众号
mdnice : 语雀不错 ; Xmind
有一款号称最好用笔记软件的，可以用markdown，obsidian。但是我自己主要用来记笔记，记笔记为了能记住，而不是为了记笔记而记笔记，于是obsidian对于我来说用着有点累，可能遇上适合的人就真的很适合吧
我刚刚试了一个在线版感觉还行https://mdhere.netlify.app/
问题27 zoom聊天记录下载
发现了个可以实现zoom英译汉的插件：itour https://zhuanlan.zhihu.com/p/441889856 可以实时翻译 还有介个https://www.bilibili.com/video/BV19p4y1x7mB?spm_id_from=333.999.0.0
问题31 大文件传输共享
奶牛快传适合传大文件，不过文件大小有限制，之前看到张磊老师租了一台奶牛 https://cowtransfer.com/
由于不是专业字幕组，我们也还在摸索 。如果有需要的话第一时间和大家说